Opco EP est une organisation paritaire administrée par des représentants employeurs (U2P, CPME ou fédérations de branche) et des représentants de salariés (CFDT, CFE-CGC, CFTC, CGT, CGT-FO).
- Présidence et Direction générale
La Présidence a en charge la représentation de l’Opco EP devant tout organisme public ou privé, ainsi que devant toute juridiction. Elle préside le Bureau et le Conseil d’administration.

Le Directeur général est nommé par le Conseil d'administration.

- Conseil d’administration
Composé de 60 membres, il dispose de tous les pouvoirs pour prendre les décisions relatives à la gestion, à l’organisation et au fonctionnement de l’Opco EP.
- Bureau
Composé de 20 membres, il veille à l’exécution des décisions du Conseil d’administration et assure la gestion courante de l’Opco.
- Sections paritaires professionnelles
Composées de 30 membres maximum, elles viennent en appui et assurent le suivi des missions de l’Opco EP pour une ou plusieurs branches professionnelles.
- Commissions paritaires régionales
Composées de 20 membres maximum, elles viennent en délégation du Conseil d’administration pour suivre la mise en œuvre des politiques d’Opco EP dans les territoires.